在 Windows WLS2 下安装 Vina

在 WSL 中安装并使用 AutoDock Vina（简称 Vina）进行分子对接是一个相对简单的过程。以下是如何在 WSL 环境中安装 Vina 并调用它的步骤。

步骤 1：安装 Vina

1. 更新包列表
   首先，确保你的 WSL 环境是最新的。打开 Ubuntu 或其他 Linux 发行版的终端，并执行以下命令更新系统：

   sudo apt update
   sudo apt upgrade
   

2. 安装依赖项
   Vina 需要一些依赖项，如编译器和工具。你可以使用以下命令安装这些依赖项：

   sudo apt install build-essential cmake gfortran
   

3. 下载 Vina 源码
   你可以从 AutoDock Vina 的 GitHub 仓库或者官方网站下载源代码。为了方便，下面的步骤是通过 GitHub 克隆源码并编译安装：

   git clone https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina.git
   cd AutoDock-Vina
   

4. 编译 Vina
   进入到 Vina 源码目录后，运行以下命令进行编译：

   mkdir build
   cd build
   cmake ..
   make
   

   这样就会编译出 Vina 可执行文件。

5. 安装 Vina
   编译完成后，可以将 Vina 可执行文件复制到系统路径中，方便后续调用：

   sudo cp vina /usr/local/bin/
   

6. 检查安装
   安装完成后，可以通过以下命令检查 Vina 是否正确安装：

   vina --version
   

   如果输出版本信息，说明安装成功。

步骤 2：准备输入文件

在进行分子对接前，你需要准备以下文件：

1. 受体文件（Receptor）：通常是蛋白质的 PDB 文件，且需要通过 AutoDockTools 或其他工具转换成 PDBQT 格式。
2. 配体文件（Ligand）：配体的 PDB 文件，也需要转换为 PDBQT 格式。
3. 网格参数文件（Grid Parameter File，GPF） 和 输出文件（Output File）。

你可以使用 AutoDockTools 来生成这些文件，或者使用命令行工具如 prepare_receptor4.py 和 prepare_ligand4.py（AutoDock 相关工具）来准备。

步骤 3：调用 Vina 进行对接

在 WSL 中调用 Vina 进行分子对接的基本命令如下：

vina --receptor receptor.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --out output.pdbqt --log vina.log

其中：

• --receptor receptor.pdbqt：指定受体的 PDBQT 文件。
• --ligand ligand.pdbqt：指定配体的 PDBQT 文件。
• --out output.pdbqt：指定对接结果的输出文件。
• --log vina.log：指定日志文件，用于记录对接过程中的信息。

示例：

vina --receptor protein.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --out docked_result.pdbqt --log docking_log.txt

步骤 4：分析对接结果

1. 查看输出文件：

   • output.pdbqt 文件中将包含不同的对接构象，你可以用 PyMOL、Chimera 等分子可视化软件打开它，查看对接的结果。

2. 查看日志文件：

   • vina.log 文件记录了对接过程中的详细信息，包括每次对接时的结合能等，你可以检查这些信息来评估对接的效果。

总结

通过上述步骤，你可以在 WSL 中顺利安装并使用 AutoDock Vina 进行分子对接。在安装过程中，你需要确保安装了必要的依赖项，并准备好正确的输入文件（PDBQT 格式）。完成对接后，你可以使用相关的可视化工具来查看结果，进一步分析分子之间的结合模式。